Depuis la rentrée 2005, la structure musique – école (appelée jusqu’en 2010 projet musique – école) est une organisation qui permet de rendre plus aisée la formation musicale des élèves depuis la 3e année primaire (8-9 ans) jusqu’à la fin de la 9ème année (15-16 ans). Des allègements scolaires sont ainsi accordés, permettant aux élèves de fréquenter assidûment le Conservatoire de Lausanne. En effet, les élèves concernés passent souvent plus de dix heures hebdomadaires au Conservatoire, en plus de nombreux concerts et de leurs nécessaires répétitions.

Il est à relever que l’organisation des leçons est très individualisée : les allègements scolaires, les cours de musique, la participation aux orchestres du Conservatoire sont définis pour chaque élève, ce qui rend les horaires scolaires complexes.

Les élèves de la structure musique-école bénéficient d'un encadrement très important et individualisé. Les enseignants s'attachent en parmanence à éviter de trop lourdes surcharges de travail, par exemple en aménageant le contenu des programmes scolaires. Différentes mesures peuvent être prises en fonction de chaque élève. Les contacts entre les écoles et le Conservatoire sont donc intenses.

Soulignons que les élèves ont une capacité de travail étonnante. Ils sont généralement au Conservatoire le mercredi après-midi, demi-journée traditionnellement de repos, et souvent même le samedi pour des répétitions. Le dimanche est consacré aux devoirs qu'ils reçoivent au plus tard le vendredi pour la semaine suivante. Certains éléves exercent même des activités supplémentaires telle la danse.